Alija Izetbegović tvrdio je da od trinaest optuženih, njih sedmorica nemaju nikakvu vezu sa okosnicom predmeta – da se navodno oko Islamske deklaracije formirala neprijateljska grupa. Također, u svojoj odbrani navodi da petoricu optuženika uopšte ne poznaje. Za samu konstrukciju optužnice i procesa ustvrdio je da ona kao takva nema namjeru i motiv da utvrdi istinu. Zamjerio je organizaciji suđenja zbog isključenja javnosti uvođenjem propusnica za prisustvovanje suđenju. Izetbegović u svojoj odbrani povredu javnosti glavnog pretresa doživljava kao sprječavanje javnosti da se uvjeri u njegovu nevinost. Zatim je kritikovao štampu koja je lažno prikazivala njegova opredjeljenja i činjenice o njemu.
Izetbegović se usprotivio optužbenom inkriminišućem tumačenju Islamske deklaracije, za koju je potvrdio da ju je napisao, ali je ustvrdio da ni u kom slučaju to nije programski tekst za okupljanje neprijatelja protiv Jugoslavije. Odbacio je stav optužnice da je putovanje u Iran bilo u namjeri neprijateljskog djela i odbacio da je imao učešće u pisanju knjige „Muslimani u Jugoslaviji“ te je smatrao da komentari i običan razgovor među prijateljima ne mogu biti i nisu neprijateljska propaganda.
Izetbegović je potom objasnio da se bavio pitanjima islama i muslimanskog svijeta i da je u periodu 1969. – 1970. godine napisao Islamsku deklaraciju, ali također je naveo da to nije jedina njegova intelektualna djelatnost o ovoj problematici i fenomenima. Iznio je da je napisao dvadesetak članaka, kao i knjigu Islam između Istoka i Zapada koja je u to vrijeme trebala biti objavljena u Sjedinjenim Američkim Državama, ali da niti jedno od pobrojanih tekstova nije neprijateljske sadržine. Također, objasnio je da je Islamska deklaracija najprije zamišljena kao monografski rad o stanju i kretanju u islamskom svijetu te je potom napisao dio o zaostajanju u razvoju muslimanskih zemalja. Naknadno je dopisao dio koji se bavio islamskim poretkom tog doba. Istakao je u svom izlaganju da završivši tekst 1970. godine isti nije mijenjao i da to nikad nije bio program, već monografska studija.
Izetbegović je objašnjavao da su u tekstu Islamske deklaracije dominirale dvije ideje, prva je bila da je muslimanska inteligencija prozapadna, a narod promuslimanski i da je inteligencija otuđena od naroda u muslimanskim državama. Za drugu ideju je istakao da je do promjena u islamskom svijetu jedino moglo doći samo preko islama i da time Islamska deklaracija tvrdi da se muslimanski svijet može promjeniti na osnovu sopstvenih vrijednosti i vlastite tradicije. Također je istakao da se ostali dijelovi teksta bave određenim globalnim pitanjima savremenog svijeta u kojem se mogu pronaći statistički podaci o stanju kulturnih i socijalnih problema u pojedinim zemljama. On ističe da u tekstu zapravo daje kritički osvrt na obrazovni sistem te specifičan islamski pristup obnovi preko ljudi i njihovih osjećanja, a ne preko zakona.
Vezano za drugi dio Deklaracije, Izetbegović objašnjava da se bavio pitanjem da li je izvediv poredak modernog i tolerantnog islama i da je potom analizirao pojedine teze Islamske deklaracije. Za treći odjeljak sudu je objasnio da se bavio suočavanjem islama sa dvije velike monoteističke religije – hrišćanstvom i judaizmom, kao i sa dva dominantna društvena sistema – kapitalizmom i socijalizmom.
Vezano za Deklaraciju i za njeno značenje i namjere, Izetbegović je zaključio da to nije neprijateljski tekst jer je Deklaracija tretirala svjetske probleme, a ne probleme u Jugoslaviji. Predložio je da se obavi integralno čitanje teksta kako bi se sud uvjerio, jer se o Deklaraciji ne može suditi na način na koji to radi optužba, na osnovu citata uzetih iz konteksta. Podcrtao je više puta da se Deklaracija ne odnosi na Jugoslaviju pa je samim tim svako referisanje na uzete citate zlonamjerno čitanje. Također se pozvao na tezu 16: „Islamski poredak može se ostvariti samo u zemljama u kojima muslimani čine većinu stanovništva. Bez ove većine islamski poredak se svodi na golu vlast (jer nedostaje drugi uslov: islamsko društvo) i može se pretvoriti u tiraniju …“ . Deklaracija je i prevođena upravo zato što nije pisana za područje Jugoslavije.
Pored iznesenog objasnio je također i čin davanja Deklaracije svom prijatelju Omeru Behmenu iz razloga provjere intelektualne vrijednosti teksta, kao i Rusmiru Mahmutčehajiću kojeg je promovisao kao marksistu. Sam čin prevođenja, kako je istakao, ukazivao je na to da nije bila namjenjena domaćim čitaocima, već onima koji govore arapski, turski, engleski i njemački jezik. Posebno je govorio o neznanju, neobavještenosti i zloj namjeri u tome što se traži podudarnost između programa organizacije Mladi muslimani i Islamske deklaracije.
U svom iskazu, Izetbegović je govorio i o montaži optužnice koja želi ubacivanjem Teufika Velagića prikazati neprijateljske namjere. Ustvrdio je da je Deklaraciju napisao 1970. godine, a da je Velagića upoznao 1975. godine i da je ovaj tekst već bio preveden na arapski, engleski i njemački jezik. Također je istakao da ni Omer Behmen nije učestvovao u oblikovanju teksta, jer je tekst Omeru predao nakon što je napisan i preveden na već pomenute strane jezike. Negirao je da je sa Islamskom deklaracijom upoznao lica kako je navedeno u optužnici, kao i da je bilo što iz tog teksta govoreno na predavanjima u Tabačkom mesdžidu. Također je negirao i da je pisao tekst Muslimani u Jugoslaviji, ali da mu je poznat te da je pod tim naslovom održao referat Šerburku, u Kanadi u decembru 1981. godine, koji nije predmet inkriminacije.
Izetbegović je potom objašnjavao da su tvrdnje koje su iznesene u optužnici, da je vršio neprijateljsku propagandu pred svojim prijateljima, apsolutna besmislica. Nije negirao da je namjeravao putovati u Iran, ali putovanje nije ostvario uz navode razloga zašto je želio putovati.
Pitanja koja su postavljana Izetbegoviću tokom procesa mogla su se kvalifikovati čak i kao lična, u daljnjem tekstu slijedi dijalog kao primjer za prethodno navedenu konstataciju.
Tužilac: „Da li ste ijednom rečenicom naglasili da se Islamska deklaracija“ ne odnosi na SFRJ?“
Izetbegović: „Ne, jer nije bilo potrebe. Iz sadržine teksta to je sasvim očigledno.“
Tužilac: „Koga ubrajate u onih sedamsto miliona muslimana u svijetu? Da li i mene ubrajate u taj islamski svijet?“
Izetbegović: „Ubrajam države gdje su muslimani većina stanovništva – od Maroka do Indonezije. Osim toga, vi niste muslimanka, vi ste možda Muslimanka sa velikim „M“.“
Tužilac: „Zašto ste se zalagali za anonimnost autora Deklaracije?“
Izetbegović: „Zbog kompleksa. U muslimanskim zemljama sa nepovjerenjem gledaju na tekstove koji dolaze iz sredina kao što je Jugoslavija. I drugo, stvarno sam se bojao mogućnosti da se sa mnom desi ovo što se desilo, to jest da se prema meni postupi ovako kao što ste vi postupili.“
Tužilac: „U svojoj ste odbrani iznijeli tvrdnju da je Islamska deklaracija zagovarala moderan i human poredak zasnovan na islamu. Kakav je to moderan i human sistem koji nigdje ne pominje nesvrstanost i samoupravljanje?“
Izetbegović: „Nisam nigdje zagovarao nesvrstanost i samoupravljanje. Ne poričem vrijednost ovih principa, ali postoje i drugi principi koji su humani i moderni.“
